조직도 한국해양수산개발원 산하 자유무역협정 이행에 따른 어업인등 지원센터가 있고 지원센터는 총 3개의 조직으로 나누어집니다. 첫번째, 총괄기획팀으로 자문위원회 운영, 어업인 대상 홍보안내를 맡습니다. 두번째, 조사분석팀으로 국내보완대책 성과분석 및 이행점검, FTA체결국 수입 수산물 모니터링 및 분석을 맡습니다. 세번째, 영향평가팀으로 직접피해보전제도 발동요건 평가 및 영향평가를 맡습니다.